Patogeneze zkoumá vývoj onemocnění a řetězec událostí s ním spojených, které krok za krokem určují morfofunkční změny buněk a tkání patřících k postiženým orgánům. Tyto změny mohou být způsobeny chemickými, fyzikálními nebo biologickými činiteli (viry, bakterie atd.).
Mohli bychom tedy definovat patogenezi jako mechanismus, kterým etiologický agens (kauzální agens, například bakterie nebo záření) určuje onemocnění. Není náhodou, že termín patogeneze pochází ze spojení řeckých slov patos„nemoc“, např Genesis, "tvorba".
Zatímco etiologie definuje příčiny, patogeneze studuje důsledky.
Při čtení lékařských textů se proto můžeme setkat s pojmy jako: mikrobiální patogeneze, zánětlivá patogeneze, virová patogeneze, maligní patogeneze (tendence onemocnění, obvykle nádoru, se postupně zhoršovat, až se stane potenciálně smrtelným). Mnoho nemocí rozpoznává různé příčinné faktory (multifaktoriální etiologie) a ještě početnější jsou nemoci charakterizované různými evolučními mechanismy (mnohočetná patogeneze).